光绪七年（年），江苏省江宁，也就是现在南京的保甲局破获了一起盗窃案，抓获了一名叫李大凤的盗贼。李大凤为了争取宽大处理，交代了许多别人的罪行。其中有一件就是，他说他的表弟朱彪在四年前失踪，后来他在盗匪圈里得到消息，表弟是被周五和沈鲍洪杀死的。（清代保甲局类似于现在社区、居委会。但是保甲制度的核心是“联保连坐法”，联保就是各户之间联合作保，共具保结，互相担保不做违法之事；连坐就是1家犯法，9家举发，若不举发，10家连带坐罪。与现代的社区功能有根本上的区别。）
官府立即缉拿了周五、沈鲍洪两人。用刑之后，二人交代了光绪三年十二月他们在江宁府上元县（今南京市区西北部）一个叫三牌楼的竹园旁合伙将朱彪砍死了。听完二人供述当年作案的细节后，审讯官员们都慌了，因为这起四年前的命案早已破获了，抓获了三名凶手，其中两个也早已被斩首示众了。
下面我们先说一下四年前这起命案的破获过程。
南京市江宁区上元街光绪三年十二月初十，大冬天，有人在江宁城上元县三牌楼的竹园旁发现了一具男尸。地保报告给上元县知县，第二天县衙仵作就来验尸，是一起砍刀造成的多处刀伤凶杀案，死者身份查不出来，案发现场也没有留下什么有价值的线索痕迹，是属于侦破难度极大的命案。县令迅速上报给了两江总督沈葆桢。
江宁是两江总督的驻地，烟花繁华的胜地，治安管理极严，但有命案是必破的。两江总督兼南洋大臣的沈葆桢命令营务处总办（相当于现在的军区参谋长）洪汝奎负责此案，缉拿凶犯。洪汝奎原任江南道台。营务处总办是个极重要的职位，均是由道台一级的官员出任。道台是省（巡抚、总督）与府（知府）之间的地方长官，相当于副省长。营务处是晚清才出现的管理军务的机构，清末地方总督、巡抚皆统兵，营务处是督抚扩张权力，绕开正常行政制度的利器。洪汝奎举人出身，办事能力强，是沈的心腹亲信。
两江总督沈葆桢林则徐的外甥和女婿洪汝奎立刻安排缉捕委员、候补参将（大约相当于现在的团级）胡金传侦破此案，捉拿杀人凶犯。候补官员为了能早日转正，谋的实际职位，所以办事都是非常认真的，胡金传也是如此。他马上撒开人马，雷厉风行的侦破起来。
很快，有一乞丐告发，卖瓜子的小贩方小庚曾经见过死尸，胡金传便将方小庚抓获。方小庚当时18岁，智商偏低。根据其供称：十二月初九夜晚，他路过三牌楼竹园，看到一人倒卧在雪地中，探了探鼻息，发现已无气息。同时，在尸体旁站了三个人，其中一人还是个和尚。就在他吓得魂飞魄散之际，其中一人还恶狠狠警告他莫要多管闲事。然后他连忙跑开了。
胡金传根据方小庚供述，先后带兵将妙耳山的僧人绍宗、屠户曲学如，以及在营当伙夫的张克友三人逮捕，经方小庚指认，这三名嫌疑犯正是当天晚上他在尸体旁看到的那三个人。
胡金传目前办案情况汇报给了营务处总办洪汝奎。下来就是进入审讯环节了。按清朝的司法程序，应由案发所在州县进行初审，知府、道台复审后再呈报省里。
洪汝奎以此案案情严重，影响恶劣为由，下令由营务处接手此案，不走正常司法程序。洪委派了候补官员来审讯，晚清各省都有众多的候补官员，省里也是想方设法帮他们安排差事。洪汝奎委派了二名候补知县，一名候补同知和胡金传来共同审理。虽然后来的案卷上列了一系列文官各字，但据当事人的供述，真正坐在堂上审讯的其实就是候补知县严堃和胡金传两个人。
清朝衙门审案的旧照初始审讯，三名嫌疑人均否认杀人之事，候补知县严堃及候补参将胡金传没有废话，直接严刑拷打。张克友最先受不了了，招供说死者叫谢某，是当地一名雇工，他们三人与死者都与一个叫高冯氏的少妇通奸，因嫉妒三人合伙杀死了谢某。将高冯氏传到后，高冯氏哭天喊地，坚决否认有此通奸之事。而且在当地也根本没有查到一个谢某的雇工。口供对不上。
于是继续严刑拷打。三人反复更改口供，最后先是张克友交待了一套还可信的口供，胡金传又依此口供拷打其他两人，不按此口供交代是不行的。那两人熬刑不过最终承认见财起意，三人在妙耳山合谋杀死猪贩客商薛春芳，移尸三牌楼。随后，官府在妙耳山庙内找到一把屠刀，被认定为杀人凶器；在山上发现一堆灰烬，被认定为死者衣服的灰烬。三名嫌疑人说死者叫薜春芳，是一名贩猪的客商，这个人的真实身份是没法核实的。当时清朝并没有准确的户籍登记制度和人口数据资料。最后，官府认定死者是来自菏泽的客商薛春芳。也不知是以何为依据就说是山东菏泽的。
妙耳山坐落在回龙桥社区“”厂居民生活区内，当地居民呢称为“小黄山”
案件审理结果呈报到了洪汝奎手里，他在复审时曾有些怀疑，但还是签字通过了审核。他在把案件呈报给两江总督沈葆桢的时候，决定还是慎重其事，他在呈报中写道：“案情重大”，禀请“另外大员覆讯，以诚信谳而重民命”。意思是建议沈葆桢最好另外派官员再审一次。
沈葆桢在翻阅三牌楼案的卷宗时，其中一个细节引起了他的高度注意：嫌疑人曲学如的物品中有一枚五角铜钱。晚清时期，东南地区的秘密会党私铸铜钱，作为凭信，而这个五角铜钱正是这种东西。太平天国起义结束后，其原核心两江地区秘密会党风起云涌。历任两江总督，都把惩办秘密会党当作重点工作来抓。
这枚五角铜钱让两江总督沈葆桢起了无名之火，他拒绝了洪汝奎的建议，不派人复审此案。作出批示：将和尚绍宗、屠户曲学如就地正法，枭首示众，伙夫张克友因为先行认罪，得免一死，被割去右耳，刺字赶出江宁递回原籍。从疑犯认罪到正法伏诛，则不过数日时间。此案从光绪三年12月初九案发，到光绪四年2月24日案犯被斩首，前后只用了60多天的时间。在喧嚣的南京城，三牌楼命案曾经引起街头巷尾的议论，并上了《申报》的版面。
当发现冤案后，江宁地方当局并没有包庇原审官员、掩盖真相、弃冤死者的冤情于不顾。时任两江总督刘坤一一边上奏朝廷，一边将此案发交布政司重新审理，立即奏请将仍是侯补参将的胡金传暂行革职，归案讯问，又致信已经升任两淮盐运使的原营务处总办洪汝奎前来江宁协助调查。但洪汝奎采取“以不变应万变”的方针，并未前来“协助调查”。
刘坤一三牌楼一案上奏朝廷的原件北京监察御史李郁华上奏对刘坤一提出弹劾，认为“此案由洪汝奎锻炼而成。显欲卸罪胡金传一人，意存偏纵”。指责刘坤一偏坦洪汝奎。李郁华的奏折惊动了慈禧太后，朝廷下圣旨命令四年前所有涉案官员一律卸任，传讯到江宁，听候查办。这些官员包括两淮盐运使洪汝奎、淮安府知府孙云锦、沭阳县知县严堃、清河县知县丁仁泽、候补同知单之珩等。
刘坤一上奏折为洪汝奎开脱说，当初洪汝奎并未定拟罪名，而是具禀前两江总督沈葆桢，请另派大员覆讯。意思是此案洪汝奎并没有什么大过错。
刘坤一这时翰林院侍讲学士陈宝琛也上奏折，详细指出此案供词和勘验记录存在着六大疑点。他同时奏请朝廷，应派钦差大臣前往江南，重新彻查此案。
慈禧太后对陈宝琛的奏折很重视，仅在三天之后，光绪七年十二月初八，清廷谕令理藩院尚书麟书、刑部侍郎薛允升任钦差大臣，火速前往宁彻查三牌楼命案。麟书和薛允升到达江宁后，谢绝了地方官接待及一切酒席礼物，闭门查案，调阅案卷，提审案犯、证人，一一剖清案情疑点，以及对人犯口供的缜密推理，最后证实三牌楼命案确系周五、沈鲍洪所为，铁证如山，再无疑问。薛允升即回京城覆命。
经查明，此冤案的形成系胡金传当年急于破案邀功，将三名无辜平民诬为嫌犯，又威逼利诱用金钱收买当时并不在场的方小庚按他所教的内容指证。三人不堪受刑，屈打成招，被害人“薛春芳”不过是他们随口编出的名字。
次年二月二十九日，江宁方面奉上谕，判杀人首犯斩立决；判从犯沈鲍洪绞立决；判冤杀两命的侯补参将胡金传斩立决；两淮盐运使洪汝奎与知县严堃革被职，发配充军；沈葆桢因已去世，免议其罪；做伪证的方小庚已死在狱中，免于惩处。三牌楼命案至此真正结案。自此以后，清廷下令，武官不得参与审理，也就是现代的侦查和审判分离。
两淮盐运使洪汝奎是此案中最可惜的人物，他当时是正在迅速崛起的一颗政坛明星，出身贫寒，高中举人，能力出众。在被充军到新疆后，政治生涯就此结束。洪汝奎到流放地后郁郁寡欢，身体彻底垮了，不久遇赦回乡，很快就病逝了。
三牌楼冤案从发现到平反，前后一共四年，我觉得已经很迅速了。呼格吉勒图冤案从发现到平反一共用了九年。三牌楼冤案的制造者侯补参将胡金传被判了斩立决。呼格吉勒图冤案的制造者公安局副局长冯志明以受贿罪被判处了十八年徒刑。
